真空系統是真空凍干機的重要組成部分之一，一般包括旋片式真空泵或干泵和羅茨泵加速抽真空。
真空系統通過不銹鋼管路與冷凝器連接，在靠近冷凝器的位置處安裝有氣動蝶閥，將冷凝器與真空系統隔開。
真空系統的作用是建立真空，給冰的升華制造環境和條件。真空系統的真空度的高低直接影響制品的升華速率，真空系統要求其自身具有較低的泄漏率。真空控制的精度直接影響到制藥工藝的運行。
真空凍干機的真空系統主要部件：
1.旋片式真空泵
轉子以一定的偏心裝在泵殼內并與泵殼內表面的固定面靠近，在轉子槽內裝有兩個（或兩個以上）旋片。當轉子旋轉時，旋片能沿其徑向槽往復滑動且與泵殼內壁始終接觸。
旋片隨轉子一起旋轉，可將泵腔分成幾個可變容積。它是利用油類密封各運動部件之間的間隙，減少有害空間的一種旋轉變容真空泵。這種泵通常帶有氣鎮裝置，故又稱氣鎮式真空泵。
2.干式真空泵
工作原理和旋片式真空泵工作原理相同，通過容積的變化來實現吸排氣。干泵的容積變化通過螺桿式、爪式等來改變的，并且不需要油來密封。但大多干泵的極限真空達不到使用要求，只能通過配合羅茨泵使用才能達到效果。
3.羅茨泵
也叫機械增壓泵，是一種旋轉式容積真空泵，二個8字型轉子與泵腔保持一定的間隙，通過一對同步反向旋轉齒輪使二個轉子在泵腔內旋轉時互相不接觸并保持一定間隙。
羅茨泵工作時，由于轉子和泵腔、轉子和轉子之間有一定的間隙（0.1-0.15mm），互相不接觸，允許轉子高速轉動，具有很大的抽速。但一般不能直接抽大氣壓。部分品牌的泵由于特殊的設計，可以在大氣壓下啟動。但出于對泵的保護，一般還是采用延時啟動。
4.真空測量裝置
真空規管（電阻式真空計），屬于皮拉尼（Pirani)真空計，可以直接輸出2-10V的直流電壓。通過其電路設計和程序確定，確保輸出的直流電壓和真空度指示值一一對應，在觸摸屏直接顯示出真空度的讀數。現在觸摸屏能顯示的讀數為0.1-999.9Pa。另外，該規管既能承受負壓力也能承受正壓力。
5.油過濾器
真空泵油過濾器臟了應更換，有的真空泵上裝有指示儀表。過濾器暢通時，儀表指示在綠色區域；如被污物堵塞，儀表指在橙色和紅色區域；當指示在紅色區域時，表示需要更清洗或更換真空泵油過濾網。
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